公元年1587年，在中国为明万历十五年，论干支则为丁亥，属猪。当日四海升平，全年并无大事可叙，纵是气候有点反常，夏季北京缺雨，五六月间时疫流行，旱情延及山东，南直隶却又因降雨过多而患水，入秋之后山西又有地震，但这种小灾小患，以我国幅员之大，似乎年年在所不免。只要小事未曾酿成大灾，也就无关宏旨。总之，在历史上，万历十五年实为平平淡淡的一年。
1587年，在西欧历史上为西班牙舰队全部出动征英的前一年。当年，在我国的朝廷上发生了若干为历史学家所易于忽视的事件。这些事件，表面看来虽似末端小节，但实质上却是以前发生大事的症结，也是将在以后掀起波澜的机缘。其间关系因果，恰为历史的重点。 由于表面看来是末端小节，我们的论述也无妨从小事开始。
本朝官俸微薄，京城中高级官员的豪华生活，决非区区法定的俸银所能维持。如各部尚书的官阶为正二品，全年的俸银只有一百五十二两。他们的收入主要依靠地方官的馈赠，各省的总督巡抚所送的礼金或礼品，往往一次即可相当于十倍的年俸。这种情况自然早在圣明的洞鉴之中，传旨罚俸，或许正是考虑到此辈并不赖官俸为生而以示薄惩。但对多数低级官员来说，被罚俸两月，就会感到拮据，甚至付不出必要的家庭开支了。
按照传统观念，皇帝的意旨总是绝对公允的，圣旨既下，就不再允许有任何的非议。这一事件，也难怪万历皇帝圣心震怒。从皇帝到臣僚都彼此心照，朝廷上的政事千头万绪，而其要点则不出于礼仪和人事两项。仅以礼仪而言，它体现了尊卑等级并维护了国家体制。我们的帝国，以文人管理为数至千万、万万的农民，如果对全部实际问题都要在朝廷上和盘托出，拿来检讨分析，自然是办不到的。所以我们的祖先就抓住了礼仪这个要点，要求大小官员按部就班，上下有序，以此作为全国的榜样。现在全体京官自相惊扰，狼奔豕突，实在是不成体统。
这时，刑部尚书趋步向前，站定，然后大声朗读各个俘虏触犯天地、危害人类的罪行。读毕他又宣布，这些罪人法无可逭，请皇上批准依律押赴市曹斩首示众。皇帝答复说：“拿去！”他的天语纶音为近旁的高级武官二人传达下来，二人传四人，而后八人、十六人、三十二人相次联声传喝，最后大汉将军三百二十人以最大的肺活量齐声高喝“拿去”，声震屋瓦，旁观者无不为之动容。
这种珠帘是一种有趣的道具，它们在皇帝的眼前脑后来回晃动，使他极不舒服，其目的就在于提醒他必须具有端庄的仪态，不能轻浮造次。和冕相配的服装是饰有豪华刺绣的黑色上衣和黄色下裙，裙前有织锦一片，悬于腰带之上而垂于两腿之间，靴袜则均为红色。
皇家的开支可以不受限制，官员们却只能在极度节俭的原则下生活，更不必说这些宦官宫女。所以，本朝的官员、宦官的法定薪给都十分微薄。 这种不公平的现象当然不能持久。到十六世纪初，大部分的高级官员和宦官都已经过着十分奢侈的生活。尤其是高级宦官更为人所艳羡，他们不但在皇城内筑有精美的住宅，而且根据传统习惯，他们也有相好的宫女，同居如同夫妇。他们没有子女，但不乏大批干儿、侄子、外甥的趋奉，因而也颇不寂寞。至于招权纳贿，则更是题内的应有文章。
万历登极之初批阅本章，只是按照大伴冯保的指导，把张先生或其他大学士的“票拟”改用朱笔批写就算完成了职责。其中有些本章的批示极为简易，例如“如拟”、“知道了”，简直和练习书法一样。而且按照惯例，皇帝仅仅亲自批写几本，其他的批写，就由司礼监秉笔太监用朱笔代劳。这朱笔所代表的是皇帝的权威，如果没有皇帝的许可而擅用朱笔，就是“矫诏”，依律应判处死刑。
但即使是这些例行的批语，不到十岁的万历皇帝恐怕还是无法理解它的全部含义的。例如“知道了”，实际的意义是对本章内的建议并未接受，但也不必对建议者给予斥责。这些深微奥妙之处也只有随着他年龄的增长而逐渐加深理解。
这时张居正显示了他的宽容。他恳请对犯官免加体罚，改为流放到边远省份，受当地官吏的监视。这种雅量使万历极为感动，无端遭受别人的攻击，还要代这个人说情，可见他确实是不计个人恩怨，有古大臣之风。然而万历所不会理解的是，权倾朝野的张居正，他的作威作福已经达到了这样的程度：凡是他所不满的人，已经用不着他亲自出面而自有其他的内外官员对此人投井下石，以此来讨好首辅。果然，在几年之后，万历皇帝获悉当日免受杖刑的这位官员，竟在流放的地方死去，其死情极端可疑。
但所谓伯爵，不过是军队中的一个名誉军官，除了朝廷举行各项礼仪时位居前列以外，并没有任何特殊的权利，而且俸给甚低，甚至不敷家用。李伟在京城中大做揽纳物资于仓库的经纪，原因之一即在于此。他还有一个儿子，即慈圣太后的弟弟，身分却是宦官。
翰林院中负责记述本朝历史的各位编修均深感自身具有重大的责任，因为他们的职责就是要在记述中体现本朝按照圣经贤传的教导办事的精神，如果没有这种精神，朝廷就一定不能管理好天下的苍生赤子。统治我们这个庞大帝国，专靠严刑峻法是不可能的，其秘诀在于运用伦理道德的力量使卑下者服从尊上，女人听男人的吩咐，而未受教育的愚民则以读书识字的人作为楷模。而这一切都需要朝廷以自身的行动为天下作出表率。很多翰林来自民间，他们知道法治的力量有一定的限度，但一个人只要懂得忠孝大节，他就自然地会正直而守法。现在要是皇帝的老师不能遵守这些原则，把三年的父母之丧看成无足轻重，这如何能使亿万小民心悦诚服？
皇室的情谊不同于世俗，它不具有世俗友谊的那种由于互相关怀而产生的永久性。
这时，他感到空虚和烦躁。宫廷固然伟大，但是单调。即使有宫室的画栋雕梁和其他豪华装饰，紫禁城也无非是同一模式的再三再四的重复。每至一定的节令，成百成千的宦官宫女，把身上的皮裘换成绸缎，又换成轻纱；又按照时间表把花卉从暖房中取出，或者是把落叶打扫，御沟疏通，这一切都不能改变精神世界中的空虚和寂寞。在按着固定节奏流逝的时光之中，既缺乏动人心魄的事件，也缺乏令人企羡的奇遇。这种冷酷的气氛笼罩一切，即使贵为天子，也很难有所改变。
这些女孩子的年龄在九岁至十四岁之间，她们的容貌和生活经常成为骚人墨客笔下的题材。其实以容貌而论，一般来说仅仅端正，惊人的美丽并不是选择的标准。至于她们的生活，那确实是值得同情的。皇宫里真正的男人只有皇帝一个，得到皇帝垂青因而风云际会，像慈圣太后的经历一样，这种机会不是没有，但毕竟是极为罕见的。绝大多数的宫女在使婢生涯中度过了青春，中年以后也许配给某个宦官作伴，即所谓“答应”，也可能送到紫禁城的西北部养老打杂。经历过这可悲可感的一生，最后老病而死，还不许家属领取尸体。她们的尸体经过火化后，埋葬在没有标记的坟墓里。
郑氏之所以能赢得万岁的欢心，并不是具有闭月羞花的美貌，而是由于聪明机警，意志坚决，喜欢读书，因而符合皇帝感情上的需要。如果专恃色相，则宠爱决不能如此地历久不衰。
可以说，她是在最适当的时机来到了他的生活里，填补了他精神上的缺陷。凭着机智和聪明，她很快就理解了命运为她所作的安排，因而抓住现实，发挥了最大的能动性，从而达到自己预期的目的。她看透了他虽然贵为天子，富有四海，但在实质上却既柔且弱，也没有人给他同情和保障。即使是他的母亲，也常常有意无意地把他看成一具执行任务的机械，而忽视了他毕竟是一个有血有肉、既会冲动又会感伤的“人”。基于这种了解，她就能透彻地认清了作为一个妻子所能够起到的作用。别的妃嫔对皇帝百依百顺，但是心灵深处却保持着距离和警惕，惟独她毫无顾忌，敢于挑逗和嘲笑皇帝，同时又倾听皇帝的诉苦，鼓励皇帝增加信心。在名分上，她属于姬妾，但是在精神上，她已经常常不把自己当作姬妾看待，而万历也真正感到了这种精神交流的力量。据宦官们私下谈论，皇上和娘娘曾经俪影双双，在西内的寺院拜谒神佛，有时还一起作佛前的祈祷。她对万历优柔寡断的性格感到不快，并且敢于用一种撒娇讥讽的态度对他说：“陛下，您真是一位老太太！”
反张的运动由此揭开了序幕。大批严格办理丈量的官员被参劾，他们都直接或间接与故太师张居正有关。他们劣迹多端，而细加推究，其所以胆大妄为，后边盖有张居正的支持。这一运动慢慢地、但是有进无退地蔓延开去，而参与者也清楚地知道现在和当年劝谏夺情的时候，政治形势已经大不相同，他们揭发事实，制造舆论，使张居正的形象逐步变得虚伪和毒辣。到年年底，张居正去世仅仅半年，他已经被盖棺论定，罪状有欺君毒民、接受贿赂、卖官鬻爵、任用私人、放纵奴仆凌辱缙绅，等等，归结到最后，就是结党营私，妄图把持朝廷大权，居心叵测云云。
这一切使年轻的皇帝感到他对张居正的信任是一种不幸的历史错误。张先生言行不一，他满口节俭，但事实证明他的私生活极其奢侈。他积聚了许多珠玉玩好和书画名迹，还蓄养了许多绝色佳人，这些都是由趋奉他的佞幸呈送的。得悉了此项新闻，万历又感到十分伤心。这十年来，他身居九五之尊，但是被限制到没有钱赏赐宫女，以致不得不记录在册子上等待有钱以后再行兑现；他的外祖父因为收入不足，被迫以揽纳公家物品牟利而被当众申饬。但是，这位节俭的倡导者、以圣贤自居的张居正，竟如此口是心非地占尽了实利！
在这以后，在万历皇帝对张先生回忆之中，连勉强保留下来的一部分敬爱也化为乌有。他发现，他和他的母后曾误信张居正的所作所为是出于保障皇位的忠诚，而现在看来，张居正不过是出于卑鄙的动机而卖友求荣，纯粹是一个玩弄阴谋与权术的人。
元辅张居正死后被清算，大伴冯保被驱逐出京，皇帝至此已经实际掌握了政府的大权。但是不久以后，他就会发觉他摆脱了张、冯之后所得到的自主之权仍然受到种种约束，即使贵为天子，也不过是一种制度所需要的产物。他逐渐明白，倒掉张居正，真正的受益者并不是他自己。在倒张的人物中可以分为两类。一类人物强硬而坚决，同时又顽固而拘泥。张居正的案件一经结束，他们立即把攻击的目标转向皇帝。在劝谏的名义下，他们批评皇帝奢侈懒惰，个人享乐至上，宠爱德妃郑氏而冷落恭妃王氏，如此等等。总而言之，他们要把他强迫纳入他们所设置的规范，而不让他的个性自由发展。另一类人物则干脆是为了争权夺利。他们利用道德上的辞藻作为装饰，声称只有他们才能具有如此的眼光及力量来暴露张冯集团的本质。而张冯被劾之后在朝廷上空出来的大批职务，他们就当仁不让，安排亲友。
这种繁文缛节乃是当日国家中一种重要制度。经筵的着眼点在发挥经传的精义，指出历史的鉴戒，但仍然经常归结到现实，以期古为今用。称职的讲官务必完成这一任务，如果只据章句敷衍塞责或以佞辞逢迎恭维，无疑均属失职，过去好几个讲官就曾因此而被罢免。
施用于实际问题，或者说把实际问题抽象化。例如经过皇帝批准，人事有所任免，文渊阁公布其原因，总是用道德的名义去掩饰实际的利害，因为本朝法令缺乏对具体问题评断是非的准则，即令有时对争执加以裁处，也只能引用经典中抽象道德的名目作为依据。
本朝治理天下，礼仪所起巨大的作用，已略如前述。皇帝以一人而君临天下，具有最高的权威，实因天意之所归。天意必须通过亿万臣民的信念而体现出来。皇帝和他的大臣，经常以庄严美观的形式举行各式各样的礼仪，又为巩固这种信念不可或缺。无数次的磕头加强了皇帝神圣不可侵犯的意义；而他亲自主持各种礼仪，更表明他也同样受上天的节制，即受传统的道德所节制。儒家经典的教条愈简单平淡，就愈要加强学习，接二连三地听来讲去，借此加强我们理智的主宰。越是地冻天寒，溽暑蒸人，我们的早朝也更可以收到锻炼身心之效。就是皇帝的亲耕，看来有很明显的象征成分，但象征不一定就是虚伪。如果所有参加典礼的人都相信这种象征，而决心以行动促其成为现实，这又是何等壮大的力量！一月三次的经筵，其目的更直接了当，它表现了皇帝和大臣们坚决地在经典和史籍中寻觅最有效的方法，以达到大同之治。
难道一个人熟读经史，文笔华美，就具备了在御前为皇帝作顾问的条件？难道学术上造诣深厚，就能成为大政治家？二十五年前，翰林院修撰徐时行（当时他尚未姓申，仍袭用外祖徐姓）也曾对这些问题发生疑惑。但是今天的大学士申时行对此早已涣然冰释，理解了其中的精微奥妙，因为我们的帝国在体制上实施中央集权，其精神上的支柱为道德，管理的方法则依靠文牍。
翰林院的官员替皇帝撰写诰敕，诰敕的接受者总是孝子贤孙，同时也是眼光远大的父母或是能够周济邻里、领导地方的正人君子。执掌文墨与教育的官员也向皇帝反复说明，为人君的职责是在使人民在丰年得以温饱，凶年不致填于沟壑。他们也要阐明三代以来的王道至今依然适用，即一个良好的政府务必选贤任能，同时在社会上提倡诚信与和谐。总而言之，道德至高无上，它不仅可以指导行政，而且可以代替行政。至于具体的技术问题，例如一个蛮夷酋长当抚当剿的得失，使黄河水道南移或北迁的利弊，边区茶马交易折换率的调整，等等，自然也很重要，但这是属于各地总督巡抚的范围，他们理应提出建议。按本朝传统，所有的建议仍当奏请皇帝批准。然则用人适当，各地总督巡抚都是众望所归，他们的建议，也必为上策佳计，所有奏请，必然会得到批准。所以归根结底，技术问题仍与道德问题不可分离。
他的老成来自长期处理各种人事经验；这种经验，使他深知我们这个帝国有一个特点：一项政策能否付诸实施，实施后或成或败，全靠看它与所有文官的共同习惯是否相安无扰，否则理论上的完美，仍不过是空中楼阁。这一帝国既无崇尚武功的趋向，也没有改造社会、提高生活程度的宏愿，它的宗旨，只是在于使大批人民不为饥荒所窘迫，即在“四书”所谓“黎民不饥不寒”的低标准下以维持长治久安。这种宗旨如何推行？直接与农民合作是不可能的，他们是被统治者，不读书，不明理，缺乏共同的语言。和各地绅士合作，也不会收到很大的效果，因为他们的分布地区过广，局部利害不同，即使用文字为联系的工具，其接触也极为有限。剩下唯一可行的就是与全体文官的合作，如果没有取得他们的同意，办任何事情都将此路不通。例如就在这年，山东省的三千农民，由于饥荒铤而走险，丛聚为盗；各地白莲教的信徒也大有增加。
所以说来说去，施政的要诀，仍不外以抽象的方针为主，以道德为一切事业的根基。朝廷最大的任务是促进文官之间的互相信赖与和谐。此亦即鼓舞士气，发挥精神上的力量。
如果各部院寺的文官几个月都见不到皇帝一面，他们就很难维持信心，认为皇帝陛下对各种事情仍能充分掌握。此念一开，他们即会怀疑他对是非善恶可能已经置之度外。信念既失，疑窦即生，他们就很难再尽忠竭力。这也就是“四书”劈头所述的“诚意”至此已经不能维持。这种情况，就是所谓“上下否鬲，中外睽携”，如果继续下去，铤而走险的农民决不会止于三千，白莲教徒也一定会越来越多了。
科举制度的重要性又在社会风气中得到反映。一个读书人如果不入仕途，则极少有机会表现他的特长，发挥他的创造能力；也极少有机会带给一家、一族以荣誉。所以一个人的进学中举，表面上似乎只是个人的聪明和努力的结果，实则父祖的节衣缩食，寡母的自我牺牲，贤妻的茹苦含辛，经常是这些成功的背景。无数的祭文和墓碑，可为例证。这些文章多有出自儿子或丈夫的手笔，其中歌颂母亲或妻子给他们的赞助扶持，文句悱侧动人，情节也真实可信。皇帝赐给臣下的诰命，也针对这种感情上的需要，恩赐荣典，大多包括妻子以及祖宗三代。此外还有规定：本人可以辞去诰命而转封他们的妻子和祖宗三代。
首辅申时行虽然提倡诚意，他对理想与事实的脱节，却有一番深切的认识。他把人们口头上公认的理想称为“阳”，而把人们不能告人的私欲称为“阴”。调和阴阳是一件复杂的工作，所以他公开表示，他所期望的不外是“不肖者犹知忌惮，而贤者有所依归”。达到这个低标准，已经需要一番奋斗，如果把目标定得更高，那就不是实事求是了。
地方官综揽民政与财政，致富的机会至多。至于官员本身，向这种社会风气投降的程度则各有不同。大多数人觉得在似合法又似非法之间取得一部分额外收入，补助官俸的不足，以保持他们士大夫阶级的生活水准，于清操无损。另有相当数量的官员，则声名狼籍，其搜刮自肥的劣迹令人愤慨。再有一部分极端人物，则属清高自负，一介不苟取于人；这绝对的道德观念，可以由古怪的南京都御史海瑞作为代表。这三者的差别，也就是文官之间不能和谐的一大原因。
中枢的管理又被官僚习气所掣肘，这是中央集权很难避免的结果。中央对很多边远县份的实际情形无法直接获知，只能依赖地方官的报告。这种文书从地方送达中枢就常常需要一个月。执笔者铺陈情事，动辄使用自古以来最为华丽的辞藻，可是他们却足不出户，所引用的统计资料也许已经一百年没有修订过。中枢的大厦坐落在无数含糊暧昧所叠砌的基础之上，于是就必须找出自己的行政管理办法。
凡是发生事故，中枢之是否能作深入的调查研究已无关宏旨，上级总可以归罪于下级地方官。周密的调查既费周折，而如果受罚者又提出证据为自己辩护，如所出事情，在他到任之前滋生，或者其差错在于邻府邻县，或者由于上级指示错误，则法庭也无法结案。案悬不结，责任不明，必将破坏全部文官机构的规律，失去以后赏罚的标准。 因之我们的政事，注重体制的安定，而不计较对一人一事的绝对公允。牺牲少数人，正是维持大局的办法。人事考察条例，也就从这里着眼。按照规定，四品以下的地方官三年任满应当入京朝觐述职，由皇帝及有关部门核定他们政绩的优劣。但是全国有一千一百多个县，任何精明强干的人事官员也无法详细知道他们的具体成绩，而只能在大节目上斟酌一二。如果一个地方官所统辖的地区安静无事，税收没有多大亏欠，该地区的民风就是“淳厚”而并非“刁顽”，这一位地方官必为好官而非“浮躁”或“才力不及”。京官六年一考核，名为“京察”，考察也很难根据实际能力和成绩，而大抵是视其人事应付能否得宜而有其上下高低。
个人的私心会随时随地变迁，只有伦理道德永恒不变。古代的圣贤写作“四书”的时候如此，朱熹注解“四书”的时候如此，今日仍然如此。正因为如此，它才可以在经筵上被讲解者发挥，也可以在墓志上被镌刻，以为后人的典范。
张居正的根本错误在自信过度，不能谦虚谨慎，不肯对事实作必要的让步。申时行生平不愿宣扬别人的缺点，对于提拔自己的人，更不会妄加批判。他只是从这悲剧的内幕中得到了教益。
他们经常批评万历皇帝，其用心也未必真是“沽名卖直”，而是他们深知自我牺牲，必须得到皇帝的肯定和合作，才能使亿万百姓沾惠受益。他们之所以攻击张居正，也正因为在他们心目中，张居正的措施放弃了古圣先贤的宗旨，而是急功好利，企图以世俗的行政效率来代替这种伟大的精神，最终必然窒碍难行，落一个引用私人的下场。
从客观条件来看，张居正之引用私人，是无法避免的。以我国幅员之大，交通通信又极落后，任何有能力的内阁，也不能对各种地方官有周密的了解和实际的控制。张居正一心改弦更张，十年“专政”之后，各地税额并没有调整；地方政府仍然无法管理农村，官吏薪给之低，依然如故。总之，这种维新不过是局部的整顿，而非体制上的变革。张居正本人认真办事，一丝不苟，他亲自审核政府的账目，查究边防人马的数额，下令逮捕犯法的官吏，甚至设计各种报表的格式，规定报告的限期。他所派遣的总督和任命的尚书个个精明能干，然而他们的诚信仍有问题，因为撇开他们本身不说，他们属下的低级机构，依然处于各种各样不合理条件之下；离开了权术，这些高级官员也无精明能干之可言，而权术又总是和诚信背道而驰的。
他所派遣的总督和任命的尚书个个精明能干，然而他们的诚信仍有问题，因为撇开他们本身不说，他们属下的低级机构，依然处于各种各样不合理条件之下；离开了权术，这些高级官员也无精明能干之可言，而权术又总是和诚信背道而驰的。
才人见忌，自古已然。吴干越钩，轻用必折；匣而藏之，其精乃全。
在他执政的时代，在名义上说，文官还是人民的公仆，实际上则已包罗了本朝的出色人物，成为权力的源泉，也是这一大帝国的实际主人。张居正按照过去的眼光仍然把文官集团当作行政工具，对其中最孚众望的人物不加尊敬，就使自己陷于孤立的地位。直到危机四伏之际，他才发现了这一点，并且引用佛家经义，作为自己精神上的解脱，说是：“如入火聚，得清凉门。”
首辅或是在政策上遭到多数人的反对，或是个性太强而引起嫉妒和仇视。技术上的争端，一经发展，就可以升级扩大而成道德问题，胜利者及失败者也就相应地被认为至善或极恶。
利用这些小事可以促使公众注意，引起文官参加，假以时日，使小事积累而成大事，细微末节的局部问题转化而成为整个道德问题。在程序上讲，发展中的步伐则须前后衔接，第一步没有收到效果之前决不轻率采取第二步。而且出场交锋的人物起先总是无名小卒，直到时机成熟才有大将出马。这种方式，大凡久在政治圈子里的人物，都已看透，他们可以从青萍之末，预测大风暴的来临。
这一攻击既阴险又毒辣，因为它正中了皇帝心理上的要害。攻击者预料，高启愚为申时行提拔，在这严重罪状面前，申必然要出面为高辩护，于是就可以顺水推舟地搞垮申时行。
为什么张居正这样令人痛恨？原因在于他把所有的文官摆在他个人的严格监视之下，并且凭个人的标准加以升迁或贬黜，因此严重地威胁了他们的安全感。这些官员之间关系复杂，各有他们的后台老板以及提拔的后进。他们又无一不有千丝万缕的家族与社会关系，因之得罪了一个人，就得罪了一批人；得罪了一批人，也就得罪了全国。这正如他同年王世贞所说，张居正一套偏激的办法，是和全国的读书人作对。
张居正又错误地使用了獬豸这一动物。监察官是征集舆论、平衡阴阳、在公益和私利中找到折衷的工具，元辅张先生却用它来推动自己的政策。御史和给事中只检举对他不利的人物，不纠察他的行政，这种情况使他们与特务警察无异。因之张居正虽没有独裁者的权位，却有了独裁者的神通。要是在他执政之日没有这种普遍被压抑的恐惧和怨恨，以后的反张运动就不会引起这么多的同情，动员这么多的力量，产生这么多的枝节。
为了有效地管制全国各府县，这一考成法规定各科给事中按年月记载各地方官的政绩，其标准为欠税是否能够追缴，盗匪是否能够擒获。官员前案未结，就不许升迁离职，甚至有些已经退休或正在养病的官员还要被传询答复问题。现任首辅申时行认为这种方法有欠公允，因为税收能否如额征足，有其多方面的原因，而不完全决定于县令府尹的能力和办事精神；匪盗就擒或漏网，更多出于偶然的机会，如果上官不顾困难，一味逼迫下属，下属又逼迫兵丁捕快，就会促成许多嫌疑犯屈打成招，这也不是清明宽厚的本朝所宜有。万历听罢首肯。这样，张居正时代惟一有组织性的条例也就此撤销。
与他前任年的原则相反，申时行力主人事上的稳定。随即消息传来，政府让大小官员各安其位，于是众心欣慰。京察的结果，凡由进士出身的职官只有三十三人降级或罢免，而且这三十三人，没有一个出于吏部、都察院或翰林院这些传统上最富敏感的机关。这种恕道稳定了文官集团的情绪，也稳定了首辅自己的地位，他被众口交誉为老成持重，有古君子之风。
另外一个原因，则是他在张居正事件以后，他明白了别人也和他一样，一身而具有“阴”、“阳”的两重性。有“阳”则有“阴”，既有道德伦理，就有私心贪欲。这种“阴”也决非人世间的力量所能加以消灭的。于是，他既不强迫臣僚接受他的主张，也不反对臣僚的意见，而是对这一切漠然置之。他的这种消极怠工自然没有公然以圣旨的形式宣布，但在别人看来则已洞若观火。
而像我们这样庞大而历史悠久的帝国，即使在不利的条件之下，仅凭惯性的作用也可以使这个王朝继续存在若干年月。
这前后不同之处尽管在形式上含蓄，实质上却毫不含糊。原因是开国之君主创建了本朝，同时也设立了作为行政工具的文官制度，而今天的文官却早已成熟，他们所需要的只是一个个性平淡的君主作为天命的代表，其任务就是在他们的争端无法解决时作出强制性的仲裁。他们要求这位守成之主与日常的生活隔绝，在仲裁争端中不挟带个人的嗜好和偏爱以引起更多的纠纷。坦率地说，就是皇帝最好毫无主见，因此更足以代表天命。这种关系，已经由万历的曾叔祖弘治作出了榜样。弘治皇帝愈是谦抑温和，听凭文臣们的摆布，文臣们就愈是称颂他为有道明君。
皇帝没有办法抵御这种力量，因为他的权威产生于百官的俯伏跪拜之中，他实际上所能控制的则至为微薄。名义上他是天子，实际上他受制于廷臣。万历皇帝以他的聪明接触到了事情的真相，明白了自己立常洵的计划不能成功，就心灰意懒，对这个操纵实际的官僚集团日益疏远，采取了长期怠工的消极对抗。
当张居正出任首辅的时候，本朝已经有了两百年的历史。开国时的理想和所提倡的风气与今天的实际距离已经愈来愈远了。很多问题，按理说应该运用组织上的原则予以解决，但事实上无法办到，只能代之以局部的人事调整。
一个必然的后果，即政府对民间的经济发展或衰退，往往感到隔膜，因之税收和预算不能随之而增加或减缩。
财政上死板、混乱与缺乏控制，给予官员的俸禄又微薄到不合实际，官员们要求取得额外收入也就是不可避免的了。上面说过的地方官的“常例”是一种普遍的不成文制度，亦即在规定的税额以外抽取附加税：征收白银，每两附加几分几厘，称为“火耗”；征收实物，也要加征几匹几斗，称为“耗米”、“样绢”。除此之外，一个地方官例如县令，其家中的生活费用、招待客人的酒食、馈送上司的礼物，也都在地方上摊派。
一个具有高度行政效率的政府，具备体制上技术上的周密，则不致接二连三地在紧急情况下依赖于道德观念作救命的符箓。说得严重一点，后者已不是一种好现象，而是组织机构违反时代，不能在复杂的社会中推陈出新的结果。
在北京的两千多名文官中间，存在着对伦理道德和对现实生活的不同态度，互相顾忌而又互相蔑视。有的人出身寒微，把做官看作发财致富的机会；有的人家境丰饶，用不着靠做官的收入维持生活，自然就不会同意和允许其他人这样做。“四书”中的原则，有的人仅仅视为具文，拿来做职业上的口头禅，有些人却一丝不苟，身体力行。另外有一些人彷徨于上述两者之间；也有一些人由于人事的牵涉参与了对立的阵营。
一个人可以把他旁边的另一个人看成毫无人格，他的对方也同样认为他是在装腔作势地用圣贤之道掩饰他的无能。而眼前更为重要的是，立储一事绝不是抽象的原则，而是关系到文官们荣辱生死的现实问题：因为，凡是皇帝的继承权发生争执并通过一场残酷的冲突以后，胜利者登上皇帝的宝座，接着而来的就是指斥对方伪造先帝的旨意或是暴戾无道；因为九五之尊必有天命和道德做背景。如果不经过这一番左右舆论的工作，自己的胜利就不能名正言顺。而他手下的拥戴者，也总是要请求新皇帝以各种凶狠的手段加之于他们的对方，才能顺逆分明；自己流芳百世，政敌则遗臭万年，各有分晓。这种情形，在本朝的历史上至少已经发生过两次。
凡是皇帝的继承权发生争执并通过一场残酷的冲突以后，胜利者登上皇帝的宝座，接着而来的就是指斥对方伪造先帝的旨意或是暴戾无道；因为九五之尊必有天命和道德做背景。如果不经过这一番左右舆论的工作，自己的胜利就不能名正言顺。而他手下的拥戴者，也总是要请求新皇帝以各种凶狠的手段加之于他们的对方，才能顺逆分明；自己流芳百世，政敌则遗臭万年，各有分晓。这种情形，在本朝的历史上至少已经发生过两次。
身为天子的万历，在另一种意义上讲，他不过是紫禁城中的一名囚徒。他的权力大多带有被动性。他可以把他不喜欢的官员革职查办，但是很难升迁拔擢他所喜欢的官员，以致没有一个人足以成为他的心腹。他对大臣们的奏折作出决断，可以超出法律的规定，但是他没有制定法律的力量。官僚之间发生冲突，理所当然地由他加以裁夺，但是他不能改造制度以避免冲突的发生，而且他裁夺的权威性正在日益微弱，因为他被臣下视为燕安怠惰。各边区的军事问题必须奏报皇帝，但是皇帝自己不能统率兵将，在平日也没有整顿军备的可能。他很难跨出宫门一步，自然更谈不上离开京城巡视各省。连这一点选择的自由都没有，居于九五之尊还有什么趣味？
皇位是一种社会制度，他朱翊钧却是一个有血有肉的个人。一登皇位，他的全部言行都要符合道德的规范，但是道德规范的解释却分属于文官。他不被允许能和他的臣僚一样，在阳之外另外存在着阴。他之被拘束是无限的，任何个性的表露都有可能被指责为逾越道德规范。
三日之内，四品以上的官员及其夫人分批整队前去慈宁宫举行礼仪上的号哭，号哭十五次，全部人员的动作协调，一哭皆哭，一止皆止，有如交响曲。
人们看得很清楚，慈圣太后之被隆重追悼，并不是因为她个人引起了如此广泛而深沉的哀思。她不过是一个形式上的代表，她的丧仪象征了全国臣民怀念慈母的养育之恩，也表现了他们对皇室的忠悃。不难想象，这些官员和夫人在号哭完毕以后回到家里，由于为这隆重的丧仪所感染，势必要对长者更为孝敬，而全国的风俗乃能更为淳厚。然而万历皇帝却早已丧失了这样的信心。他已经把一切看透，仪式典礼只会产生更多的仪式典礼，作为全国的表率，他又必须在每一种仪式中使用全部精力去表现他的诚意。他在过去的生活里付出的精力已经太多了，他已经不再有周旋应付的兴趣，所以他以近日偶患湿毒、敷药未愈、行走不便作为理由，免除了自己应该在众目睽睽之下参加的繁文缛节。
换言之，皇帝的处置纵然不能事事合理，但只要百官都能俯首虚心地接受，则不合理也就成为合理。正德皇帝不去培养这种神秘力量，反而偏要去表现自己的将才帅略，岂不是破坏了臣僚们对他绝对服从的大前提？
万历皇帝缺乏他叔祖的勇气、积极性和寻找快乐的情趣。他从小开始就没有一天体会到自由的意义，也不是凭借自己的能力而获得臣下的尊敬，所以就难怪乎他不能向臣下提出明确的主张了。他读过有关他叔祖的记录，深知文臣集团只要意见一致，就是一种很强大的力量。既然缺乏坚强的毅力，这个孤立无援的皇帝只好一再向臣下屈服。然而他又不是一个胸襟开阔足以容物、并以恕道待人的皇帝，他的自尊心受到损伤，他就设法报复。报复的目的不是在于恢复皇帝的权威，而纯系发泄。发泄的对象也不一定是冒犯他的人，而是无辜的第三者。积多年之经验，他发现了最有效的武器乃是消极抵抗，即老子所谓“无为”。
检举张鲸的奏章中指斥他与某些文官勾结，并且接受贿赂。其所列举的罪状看来都凿凿有据，只是当时勾结为奸、纳贿贪财的一段罪状也可以加之于许多高级廷臣身上，写奏呈的人似乎全未计及。张鲸事后感慨，由于他的嘴巴说话太多，所以才招致了那么多的攻击，不能算是事出无因。只是根本的原因还是在于机构本身，其职务与文臣的利害相违。万历一朝的冲突，文臣占优势，与天启朝厂卫跋扈、缇骑气焰冲天的情形恰为尖刻的对照。
他本来已经对早朝和经筵感到极度厌倦，至此他拿定主意，今后再也不愿意公开接见这些不诚实的、口是心非的臣僚了。他隐居在深宫里，惟一能和他呼吸相通、忧患与共的就是贵妃郑氏。
他欣赏自己“从中调剂，就事匡维”这一处世和执政的原则，对待皇帝的办法则是“显谏者不若潜移为妙”，因为这种办法既对皇帝的权威无损，而臣下的目的又可以达到，这比之于臣下在奏章上奚落昏庸的皇帝，而皇帝用荆条痛打犯上的群臣总要高明得多。申时行所始料未及的，就是万历皇帝比他申先生又更高一手，已经看透了这种斗争的真情实相，知道自己生气都属无效，莫若用“无为”的办法，对付所有的纠缠，因之消极也越来越彻底了。
他虽然被人仰慕，但没有人按照他的榜样办事。他的一生体现了一个有教养的读书人服务于公众而牺牲自我的精神，但这种精神的实际作用却至为微薄。他可以和舞台上的英雄人物一样，在情绪上激动大多数的观众；但是，当人们评论他的政治措施，却不仅会意见分歧，而且分歧的程度极大。在各种争执之中最容易找出的一个共通的结论，就是他的所作所为无法被接受为全体文官们办事的准则。
以熟读诗书的文人治理农民，他们不可能改进这个司法制度，更谈不上保障人权。法律的解释和执行离不开传统的伦理，组织上也没有对付复杂的因素和多元关系的能力。
皇帝的情绪显得很矛盾，他有时把海瑞比做古代的忠臣比干，有时又痛骂他为“那个咒骂我的畜物”。有时他责打宫女，宫女就会在背后偷偷地说：“他自己给海瑞骂了，就找咱们出气！”
他的声望已为整个帝国所公认。他当然是极端地廉洁，极端地诚实，然而从另外一个角度来看，也可能就是极端地粗线条，极端地喜欢吹毛求疵。这样的人不会相信为人处世应该有阴阳的分别，他肯定会用他自己古怪的标准要求部下和上司。对他应该怎么分派呢？看来比较稳妥的办法是让他升官而不让他负实际的责任。于是，在不长的时期内，他历任尚宝司丞、大理寺右寺丞、左寺丞、南京通政司右通政，官至正四品。
洪武皇帝所推行的农村政策及一整套的措施，对本朝今后的历史，影响至为深远。其最显著的后果是，在全国的广大农村中遏止了法制的成长发育，而以抽象的道德取代了法律。上自官僚下至村民，其判断是非的标准是“善”和“恶”，而不是“合法”或“非法”。
但是他和洪武皇帝都没有想到，政府不用技术和经济的力量扶植民众，而单纯依靠政治上的压力和道德上的宣传，结果只能是事与愿违。政府的绝大部分收入出自农民，而在海瑞出任巡抚的时候，大部分农民又都身受高利贷的压迫和威胁。政府缺乏资金，农民无法从政府机构获得低利率的贷款。
洪武时代的八千官员，现在已经扩大为两万人。当年不准下乡的禁令早已废止，但事实上他们也极少再有下乡的需要，因为很多的人对民生疾苦早已视而不见，而是更多地关心于保持职位以取得合法与非法的收入。
何况商业的发展，如照资本主义的产权法，必须承认私人财产的绝对性。这绝对性超过传统的道德观念。就这一点，即与“四书”所倡导的宗旨相背。海瑞在判决疑案时所持的“与其屈兄，宁屈其弟”等等标准，也显示了他轻视私人财产的绝对性，而坚持维系伦理纲常的前提。
换言之，这种设施也仍不离以道德代替法律的途径。其方便之处则是一个地方官虽然缺乏法律上的专门训练，但是在幕僚和吏员的协助下仍然可以应付裕如地兼任司法官。司法从属于行政，则政府的统治得以保持一元化而使文官集团的思想行动趋于一致。
至于开发民智这一类概念，在他们心目中更不占有任何地位。在我们这个古老的礼义之邦里，绝大多数的农民实际上早被列为顽民愚氓，不在文化教养之内，即使在模范官员海瑞的笔下，这些乡民也似乎只是一群动物，既浑浑噩噩，又狠毒狡诈，易于冲动。日常生活中为小事而发生口角已属司空见惯，打架斗殴以致死伤也时有发生。纠纷的一方有时还愤而自杀以倾陷仇家；即或由于病死，家属也总要千方百计归之于被殴打致死。海瑞在做县令的时候，有一次下乡验尸，发现村民竟以颜料涂在死者的身上来冒充血迹。这些残酷的做法，除了泄愤以外，还因为诉讼一旦获胜，死者的家属就可以取得一部分仇家的产业。
在君子的精神世界里，出仕做官仅仅是取得了为国家尽忠、为百姓办事的机会。一个人如果出于牟利，他可以选择别的职业，或为农，或为工，或为商。如果为士做官，则应当排除一切利己的动机。在这一点上，海瑞和创建本朝的洪武皇帝的看法完全一致。
接近年年底亦即万历十五年丁亥的岁暮，海瑞的死讯传出，无疑使北京负责人事的官员大大地松了一口气，因为他们再也用不着去为这位大众心目中的英雄——到处惹是生非的人物去操心作安排了。
本朝治理农民的根本方针是保持他们的淳朴无知，一个士兵退伍还乡，就等于增加一个无业游民，因为他在军队里所学到的技术和养成的起居习惯，已经难于再度适应农村的生活，事情的复杂性就会因之而增加。军官退伍以后所引起的问题更为严重。在别的国家里，一个退伍军官通常都受到应有的尊敬，如果担任民政职务，他的管理经验也能保证他胜任愉快。然而事情适得其反，我们的军官在长期训练中所培养的严格和精确，退伍以后竟毫无用武之地。他会发现在军队以外，人们所重视的是安详的仪表、华丽的文辞、口若悬河的辩才以及圆通无碍的机智。——总而言之，和他已经取得的能力恰恰相反。
这种军事体制的设计，显而易见，其重点不在于对付敌国的全面入侵，同时也不打算全面进攻敌国。发生在年号称“土木之变”的战役，正统皇帝为瓦剌所俘虏，已经暴露了军事体制中致命的弱点。然而这样震惊全国的事件仍然没有能够引起应有的重视与改革。武备继续废弛，军事组织不断衰退。文官们只要在他们的任期中保持平静无事，则一切有关军队改造的计划大可束之高阁。一直到十六世纪中叶，倭寇的势力大张，不仅屡次攻破了被视为固若金汤的东南海防，而且长驱直入，视守军为无物，这才使中枢的文官惊醒，发现这低能的军事制度将要危及整个帝国以及他们个人的安全。穷则思变，改革已成为势所必然，而改革的初步，仍在于选择有创造精神的高级将领，他必须在战略上深谋远虑，而又精通各种战术。
然而这样震惊全国的事件仍然没有能够引起应有的重视与改革。武备继续废弛，军事组织不断衰退。文官们只要在他们的任期中保持平静无事，则一切有关军队改造的计划大可束之高阁。一直到十六世纪中叶，倭寇的势力大张，不仅屡次攻破了被视为固若金汤的东南海防，而且长驱直入，视守军为无物，这才使中枢的文官惊醒，发现这低能的军事制度将要危及整个帝国以及他们个人的安全。穷则思变，改革已成为势所必然，而改革的初步，仍在于选择有创造精神的高级将领，他必须在战略上深谋远虑，而又精通各种战术。
海盗大多是乌合之众，只要抄掠财物的目的一经达到，随即呼啸而去。而倭寇则不然。他们登陆以后通常要建立根据地，有时还围攻城池。其中的成员也并非全部来自日本，而常常混有不少的中国人。在一般情况下，中国人还在其中占有多数，而且可以担任高级头目。
颇为特异的是，他们的指挥信号乃是班排长手中的折扇。当双方开始接触，班长排长把折扇往上一挥，他们的部下就以刀锋向上。当对方的注意力为这种动作所吸引，他们就突然倒转刀锋迎头砍下。这种双刀的长度不过五尺，但在一个熟练的使用者手中挥舞，一片刀光，使“上下四方尽白，不见其人”，可以在一丈八尺的方圆之内杀伤对方。其他常见的武器还有弓箭和标枪。据记载，“倭竹弓长八尺，以弓蹈其弰，立而发矢。……镞宽二寸……近身而发，无不中者”，所掷的标枪“不露竿，突忽而掷，故不测”。至于火器，似乎并没有为他们所重视。虽然戚继光说过鸟铳由日本传来，但在记录上却看不到倭寇曾有效地使用这种武器。他们偶尔使用的火炮，看来也是在中国俘获的战利品。
再往下推求，俞大猷要求建立现代化的海军以拒敌于国门之外，作战的目的，则在消灭国际贸易，也和世界历史趋势相反。
戚继光的募兵原则是只收农民，而不收城市居民。他认为来自市井的人都属于狡猾无赖之徒。这种观点，虽然有它的片面性，但揆诸实际，在城市中有固定职业的人是极少自愿从军的。士兵为社会所普遍轻视，其军饷也相当微薄，城市中的应募者绝大多数只是把兵营当作解决食宿的救济所，一有机会就想另谋高就。这样的士兵如何能指望其奋勇杀敌以致效死疆场？所以戚继光订立了一条甄别应募者的奇特标准，凡属脸色白晰、眼神轻灵、动作轻快的人一概摈诸门外，因为这种人几乎全是来自城市的无业游民，实属害群之马，一旦交锋，不仅自己会临阵脱逃，还会唆使周围的人一起逃跑，以便一旦受到审判时可以嫁祸于这些言辞钝拙的伙伴。在这个标准下招收来的兵员，都属于淳朴可靠的青年农民，而“鸳鸯阵”的战术，也是针对这些士兵的特点而设计的。他曾明确地指出，两个手持狼筅的士兵不需要特别的技术，膂力过人就足以胜任。而这种狼筅除了扫倒敌人以外，还有隐蔽的作用而可以使士兵壮胆。
帝国的官僚政治已经发展到登峰造极，成千成万的官僚，在维护成宪的名义下保持各方面的平衡，掩盖自己不可告人的私利。要公然宣布改组军事制度，就等于邀请别人对自己攻击。因此张居正不得不采取这种迂回的方式。反正皇帝站在他这一边，不论别人是否识破真相，只要举不出违背成宪的理由，则公开的攻讦和私下的流言都可以不在话下。
中国的古典诗歌，如果用冲淡自然的语言表现出深切或激动的情绪，就谓之含蓄；如果用棱角分明的粗线条勾画出不受拘束的气概，则谓之豪放。戚继光的诗歌达不到这样的境界，带给读者的感觉只是拘束和平庸。好在也没有人用上述的标准来权量诗人戚继光。一般看来，出身于武举的将领，大半生都在戎马倥偬之中，能够写出这样的作品也就是出类拔萃。即在当代高级将领之中，除了“少好读书”的俞大猷之外，戚继光的文章造诣已无与伦比。在平常的谈话中，他可以随口引用儒家的经典和史书上的教训，以此，文官们对他刮目相看，认为他不是樊哙式的武人。等到他的官阶越来越高，就有更多的文官把他引为同类，在一起饮酒赋诗，往来酬对。当时的文苑班头王世贞和戚继光的交情就非同泛泛，在他的文集中有两篇赠送给戚帅的寿序，并且还为《纪效新书》和《止止堂集》作序。
但是用视而不见的态度抹去这些事实，就是不忠实于历史；对一个英雄人物隐恶扬善，也并不是真正的推崇。戚继光的复杂来自环境的复杂，如果指望他简单得如同海瑞，无疑是不近情理。写历史的人既知道戚继光是一代卓越的将领，一位极端刚毅果敢的军人，也是一位第一流的经理、组织家、工程建筑师和操典的作者，则自然应当联想到假如他不精通政治间的奥妙，就决不可能同时做好这么多的事情。戚继光所生活的时代，落后陈旧的卫所和军户制度早应该全盘放弃，而代之以先进的募兵制度；零碎的补给，也早就应该集中管理。然而我们的帝国不允许也没有能力作全面的改革，只好寻找出一种妥协的办法来作部分的修补。戚继光的天才，在于他看准了妥协之无法避免；而他的成功，也在于他善于在技术上调和各式各样的矛盾。妥协的原则，是让先进的部门后退，使之与落后的部门不至相距过远。在组织制度上没有办法，就在私人关系上寻找出路。具体来说，没有文渊阁和张居正的全力支持，就没有强有力的蓟州军区和戚继光。他的部队和他本人充满了矛盾，在火器已经在欧洲普遍使用的时候，他动员大批士兵修建碉堡；在他的混成旅里面，枪炮手和藤牌手并肩作战。他一方面是这样精细，仔细计算日出日没的时间；一方面又这样野蛮，把违反军纪的士兵割去耳朵。这些极端矛盾的事实，在其他国家内，可能彼此相隔几个世纪，而我们的帝国则在一个军区内同时出现。
李贽的悲观不仅属于个人，也属于他所生活的时代。传统的政治已经凝固，类似宗教改革或者文艺复兴的新生命无法在这样的环境中孕育。社会环境把个人理智上的自由压缩在极小的限度之内，人的廉洁和诚信，也只能长为灌木，不能形成丛林。都御史耿定向是李贽的朋友、居停和论辩的对手，李贽曾屡屡对他作过不留情面的抨击，批评他缺乏诚信。然而，李贽还以同样不留情面的态度解剖自己，指责自己缺乏诚信：“志在温饱，而自谓伯夷叔齐；质本齐人，而自谓饱道饫德。分明一介不与，而以有莘借口；分明毫毛不拔，而谓杨朱贼仁。动与物迕，口与心违。”他还怀疑自己用佛门的袈裟遮掩了“商贾之行之心”，“以欺世盗名”。
这种似合法又似非法的收入并没有使李贽感到不安。他并不像海瑞一样，以为官俸定额以外的一丝一毫收入都属于贪污。他以特行卓识而见称于当代和后世，但在这个问题上却和常人有相同的看法，即做官的目的本来就是名利。他的诚实在于能够坦白承认这一目的，而不打出去绝私欲、为国为民等等高尚的幌子。这就接触到了一个更为根本的问题：我们是否应该让每个人公开承认自己的私心，也就是自己的个人打算，以免口是心非而阴阳淆混？
李贽的一意孤行，一定要和两千年来根深蒂固的家族观念联系起来观察，才能使人理解，因为按照当时的习惯，他一旦回到泉州，他所需要照顾的决不能仅止于自己的家庭。他是族中有名望的人物，又做过知府，那就一定会陷入无数的邀劝纠缠之中而不可自拔。
一个人的品质高尚，就因为他的志趣和行为得到别人的赞赏；他的识见深远，就因为他分析理解其他事物的正确。所以人的生活目的，就不能不是合作互助与共同享有。但是，在现实中，为什么所有的人身上都存在或多或少的自私？这个问题使读书明理之人为之不安，而高级官员由于负有治国平天下的重任，其不安尤为严重。按理说，他们所受到的教养，都要求发扬为公众服务的精神；然而一旦接触实际，这种精神常常只是海上神山，或者干脆销声匿迹。有时他们身上的自私苟且，还远过于不识字的愚氓。这种不安，或者由此发展而来的内心交战，需要有一种适当的方式来缓解排除。志趣相投的研究讨论，可以触发彼此的灵感，深入探索人生的真谛，俾使内心的不安涣然冰释。所以他们来往密切，集会商谈之余，还互相通信，刊印文集。李贽落发为僧以后，仍然经常外出旅行，参加这些活动。在当时，还谈不上旅费必须报销，或者演讲应当收入费用，这些问题，都可以根据习惯，在往来交际之间安排妥帖。以李贽的名望，加上化缘和尚的姿态，他已经用不着再为经济问题而踌躇。
但是涉及面虽然广泛，却并不等于具有多方面的精深造诣。他写作的历史，对史实没有精确的考辨，也没有自成体系的征象。大段文章照史书抄录，所不同的只是按照自己的意见改换章节，编排次序，再加进若干评论。在接触小说的时候，他所着眼的不是作品的艺术价值和创作方法，也就是说，他不去注意作品的主题意义以及故事结构、人物描写、铺陈穿插等等技巧。他离开了文学创作的特点，而专门研究小说中的人物道德是否高尚，行事是否恰当，如同评论真人实事。再则，即使是阐述哲学理论，也往往只从片段下手，写成类似小品文，而缺乏有系统的推敲，作结构谨严的长篇大论。惟其如此，当日的士人，对于“李氏《藏书》、《焚书》人挟一册，以为奇货”。
既然由于对官僚政治不满而绝意仕进，那就理当息机忘世，以文墨自娱；可是写来写去，还总是和官僚政治有关，加之名望越来越大，“祸逐名起”，这就无怪乎招致杀身之祸了。
李贽自然无法理解，用中央集权的方式，以为数众多的官僚治理亿万农民，就要求整齐划一、按部就班，不能鼓励特殊分子或特殊成分发展新的技术或创造新的法则。在他所处的时代，文官集团业已丧失了发展技术的可能，也没有对付新的历史问题的能力。社会物质文明（即李贽所谓“文”）往前发展，而国家的法律和组织机构不能随之而改进，势必发生动乱。受到时代的限制，李贽认为历史循环之无法避免，乃是命运的安排，几乎带有神秘的力量，所以也不必再白费心力去寻找任何新的解决方案。这样来看，李贽的唯心论并不彻底，因为他承认了客观的真实性，治乱兴亡并不决定于人的主观，当然更不承认，所谓人心不在，治乱就不成其为治乱这样的理论了。
在道德的旌旗下，拘谨和雷同被视为高尚的教养，虚伪和欺诈成为官僚生活中不可分离的组成部分，无怪乎李贽要慨乎言之：“其流弊至于今日，阳为道学，阴为富贵！”
治理如此庞大的帝国，不依靠公正而周详的法律，就势必依靠道德的信条。而当信条僵化而越来越失去它的实用价值，沦于半瘫痪状态中的法律也当然无法填补这种缺陷。
对官僚绅士自己来说，行为不检，甚至涉及淫乱，本来是所在多有，毫不足怪。如果他们本人不事声张，旁人也可以心照不宣。李贽究竟无邪，还是有邪，可以放在一边不管，关键在于他那毫无忌惮的态度。他公然把这些可以惹是生非的情节著为文字，而且刊刻流传，这就等于对社会公开挑战，其遭到还击也为必然。而且，他的声名愈大，挑战性就愈强烈，地方官和绅士也愈不能容忍，对他进行惩罚已属责无旁贷。这些人雇佣地痞打手焚烧芝佛院，行为可谓卑劣怯弱，但在他们自己看来，则属于卫道。
李贽之所以罪有应得，则在于张问达的奏疏具有煽动的力量，而他使用的“罗织”方法，也把一些单独看来不成其为罪状的过失贯穿一气，使人觉得头头是道。何况把可能的后果作为现实的罪行，也是本朝司法中由来已久的习惯。而全部问题，说到底，还在于它牵涉到了道德的根本。
当一个人口众多的国家，各人行动全凭儒家简单粗浅而又无法固定的原则所限制，而法律又缺乏创造性，则其社会发展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能补助技术之不及。1587年，是为万历十五年，岁次丁亥，表面上似乎是四海升平，无事可记，实际上我们的大明帝国却已经走到了它发展的尽头。在这个时候，皇帝的励精图治或者宴安耽乐，首辅的独裁或者调和，高级将领的富于创造或者习于苟安，文官的廉洁奉公或者贪污舞弊，思想家的极端进步或者绝对保守，最后的结果，都是无分善恶，统统不能在事业上取得有意义的发展，有的身败，有的名裂，还有的人则身败而兼名裂。 因此我们的故事只好在这里作悲剧性的结束。万历丁亥年的年鉴，是为历史上一部失败的总记录。
以下是书籍附录里的书摘内容：
所以叙事不妨细致，但是结论却要看远不顾近，例如郑贵妃是否掩袖工谗，她到底是否国家妖孽，和今人的关系至微。明代人之所以要在这些地方做文章，可见他们道德的观念过于窄狭，技术无法开展。我的书也已给欧美学生作教本，那些教师，当然不会在考试时要求学生在试卷上说明明代衰亡乃因泰昌皇帝朱常洛并非郑妃所生，而系恭妃王氏所出。
而其中最大的差别，则是现代先进的国家以商业的法律作高层机构及低层机构的联系，落后的国家以旧式农村的习惯及结构作为行政的基础。
但是“一国两制”不是没有危险的，美国开国时以保障人权为前提，却又因为联邦制在南方姑息奴隶制度，终发生内战。日本在十九世纪尽量学西欧，对农民生活则不顾及，也可以算作一国两制，而引起滔天战祸的悲剧。一国两制的精神需要彼此将眼光看远，在长久的历史，找到合作的逻辑，而且今后也只有使两方更为接近，不致越来越远。