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用Mendeley替代EndNote管理PDF科技文献

作为科研人员,很多人可能用EndNote管理科技文献,但我不用它,主要是因为商业化软件EndNote太贵了,一份最便宜的学生版本授权费都需要113.95美元——都赶上一份Windows 8操作系统的价格了。

我的原则是当有替代开源软件存在时,尽量使用开源软件——它们通常是免费的。那么,如果不用EndNote管理科技文献,用什么呢?介绍一款我经常用的EndNote替代品软件:Mendeley

这款软件能自动管理电脑上所有的PDF科技文献,当然也可以设定指定的文件夹。不过,我不清楚是否支持中国知网、重庆维普等文档格式。Mendeley最大的特点是免费(开源?)、跨平台,可以安装在Windows, Linux, Mac OS和iOS等操作系统上。

Mendeley支持全文搜索,并支持软件内打开PDF文档。它还具备在线上传文献功能,实现将文档保存在云端,免费用户有1G空间,需要更多空间则需要付费——这就是Mendeley的盈利模式。

对于我这种LaTeX用户来说,Mendeley还有一些独到的特性。如果是从ElseVier www.ScienceDirect.com等SCI期刊网下载的文档,会自动被Mendeley分析好文章的标题、作者等信息,生成导出JabRef数据库,并保持与这份数据库同步。

这一点非常方便,尤其是如果已经在电脑上保存了很多文献后却没有文献数据库,通过它能批量导出一份完整的JabRef数据库,方便在用LaTeX写作时,方便是插入参考文献。

当然,对于非LaTeX用户,Mendeley也支持Word和OpenOffice用户直接插入参考文献。

我知道很多人肯定会给我一个“好办法”:找一个破解序列号,将EndNote破解不就可以了?我觉得作为科研一分子,不应该使用盗版软件,这是对知识产权最起码的尊重。

科研作图软件Origin的替代品: QtiPlot & SciDAVis

QtiPlot

在计算机世界里,一切信息都是1和0两个符号,但我们人类总喜欢图像化的东西,所以在科研或者是其它报表中,总喜欢将数字用图表的方式表现出来,更容易让人接受与理解数字背后要表达的含义。

在科研中的作图,可以选择微软的Office Excel画图功能,但作图效果差强人意。工欲善其事,必先利其器。MatLab不但售价昂贵,而且绘图命令复杂,不容易灵活控制;专业的作图软件Origin是科研中数据绘图、分析拟合的利器,只可惜这款强大的软件并不是免费,我身边的国外同行几乎没有人使用这款软件,主要是购买价格对于穷得响叮当的学生的确太贵了(550美元!)——那些使用盗版的同学就别出声了。

QtiPlot好用但需要手动编译

不过,只要有一款好用的收费软件,在开源世界中就几乎有一款相应的替代品,Origin亦不例外。土木坛子的经验告诉大家,有一款叫作QtiPlot的开源软件就几乎是Origin的替代品,一般的科研作图可以得心应手,使用方法简单,容易上手,图像导出功能(包括PDF, emf等各种矢量和位图格式)、数据分析拟合一应俱全,并且开源免费:在Windows, Linux (Ubuntu)和Mac上都免费。不过在Windows下的可执行安装程序不免费——这并不违反开源的协议,需要支付一定的费用。

不必担心,好的开源软件自然会有人改进,有一位牛人在其网站上提供编译好的非官方程序,土木坛子便是直接下载其维护的版本(Qtiplot-0.9.8.1-3-Unofficial-win.zip 点击直接下载)放在Windows 7 64位系统上使用,非常好用。这位牛人的版本可以算作绿色版本,不需要安装,直接解压后,点击qtiplot.exe文件就可以执行作图所有功能。

当然,还有另一位荷兰的牛人也维护着专门编译版本安装程序,不过安装需要使用Python27环境,并需要敲击一些命令,所以我个人并不推荐。从这两位牛人提供非官方的编译版本也足以证明这款作图软件能够替代Origin的实力。

免费开源的SciDaVis是Origin最好的替代品

与QtiPlot类似的其它开源免费安装软件还有一款很好用的:SciDAVis (Scientific data analysis and visualization),从我的使用经验来看,它非常类似QtiPlot, 用起来比QtiPlot更好用。

SciDAVis有一个小BUG(也可能是软件作者设计意图即如此),在粘贴数据时候,只能默认把前两列数据当成数字text格式,其它的列默认当成”text”,导致绘图出现问题。所以每次从Exel表格里复制数据粘贴到SciDAVis后,选中所有数据修改成Numeric形式,即可以绘制出与QtiPlot一样的图表。

在使用过程中发现,绿色版本的QtiPlot有些问题,比如输出图形时有时候出现空白。原因可能在于有些需要的安装资源不存在,导致功能不完善。而编译安装版本的QtiPlot文件官方需要支付费用,非官方的编译版本安装过程非常复杂繁琐。

经历过不完美的QtiPlot和功能强大但依靠命令行的R语言绘图后,建议使用SciDAVis软件科研绘图。事实上SciDAVis是QtiPlot的一个分支,完全安装版本能够保证功能完美可靠,SciDAVis真正做到了开源免费,是一款好用的科技数据绘图软件。

好东西不敢独享,特与奋斗在科研中的同学们共享。也欢迎大家分享你觉得好用的科研软件,开源免费的最好不过。

[2015年2月23日更新]

盈利模式之重要性

再好的产品和服务,没有合理的盈利模式就没有长久的生命力。

看看在开源世界大行其道的伟大产品就知道了盈利模式之重要性,例如Firefox浏览器,Wordpress博客程序,Apache程序等。Firefox从Google拿到的搜索广告费足够他们为数不多的工作人员工资。后两者从小比例有更高服务要求的用户那里可以赚得不少钱。

再来说说好像什么都是免费的Google。Google大部分的服务都是免费的,至少网民都要使用的搜索功能就是免费的。但这并不能说Google不是一个赚钱的公司,因为它有它的核心赚钱业务:广告!用户搜索的时候,侧边的广告就是Google的钱袋子,可以说Google所有的活动终其目的都导向是否能扩大广告投放量。

在这样的盈利模式下,用户当然不反对,广告主也相当欢喜。百度在这方面未免就太小家子气了:用户搜索一个关键词,前面的搜索結果都是谁出钱多就可以排在前面,这样就失去了公正性(我就奇怪,为什么就不抄袭一下Google,把广告放在搜索結果的右边呢?)

找到了合理的盈利模式就相当于找到了产品的生命力,因此可见盈利模式之重要性。